O primeiro nome conhecido da cidade foi Santa Luzia do Barro Vermelho. O povoado integrava o município de Ibitiara. Em 1937, o povoado mudou o seu nome para Ibipitanga. Em 6 de maio de 1962, foi realizado um plebiscito para decidir sobre a emancipação do povoado.

Aprovada a emancipação, o povoado se desmembrou oficialmente de Ibitiara em 16 de julho do mesmo ano. Porém a população comemora, até hoje, a data da emancipação como sendo a data do plebiscito: 6 de maio. O primeiro prefeito do município foi Francisco Nestor de Araújo. Após o mesmo, outros cinco prefeitos governaram, incluindo cinco mandatos de José Xavier Mendes, totalizando vinte anos no governo de Ibipitanga, sendo a gestão mais longa de toda a Chapada Diamantina.